元至元十二年（1275年），为广南西路宣抚司治所。
明洪武十五年（1382年），改设府署，十九年（1386年）开始建城池，府城建在平关坡上，设西南二门。
明朝、清朝时期，莲城镇境域为广南府、宝宁县。
民国时期，废府改广南县后的治所，维新乡合建为城区人民政府。
1940年，称启明镇。
1949年，改称莲花区。
1951年，城区人民政府改为第一区公所。
1956年，称莲峰区。
1958年11月，撤销区乡建制，建立莲峰公社（城关镇并入，旧莫分出）。
1961年，称莲峰区，同年将城区5条街分出建立县辖城关镇。
1971年，分出建立那伦公社。
1984年，改区。
1988年1月，莲峰区与莲城镇合并为莲城镇。
2006年4月，那伦乡并入莲城镇。