元代时期，石门镇境域属庄浪县。
明代时期，庄浪县改庄浪卫。
清乾隆十八年（1753年），庄浪茶马同知管辖。
民国元年（1912年）后，由平番县管辖，属甘凉道。
民国三年（1914年），属庄浪茶马理番同知。
民国十七年（1928年），属永登县天祝区第七保。
1950年5月，为天祝自治区第七乡。
1952年9月，为石门乡，属第二区。
1958年12月，为金强驿公社岔口驿大队。
1961年12月，归岔口驿公社。
1962年7月，为石门公社。
1968年10月，并入东方红公社。
1970年8月，为岔口驿公社的石门、宽沟、河湾大队。
1983年4月，撤销公社成立石门乡。
2002年8月，撤乡建石门镇。