清代属游仙乡，1931始建芝英镇。
解放初，分为芝英、油川、西卢、堰头、横沿、前俞、溪岸等，1955年堰头乡划入城区。
1958年公社化后，属芝英公社所属溪岸、黄店、油川3个管理区，1961年10月为芝英区的芝英、溪岸、油川、黄店4个公社，1984年改为芝英镇、溪岸乡、油川乡、堰头乡，1992年4月溪岸乡、油川乡、堰头乡并入芝英镇。
2001年7月由原芝英镇合并清溪镇的雅庄、八口塘、莲塘等6个行政村成立芝英街道办事处。
2003年行政区划优化，将杜山头、郑头、堰头、桥里、下堰头、上徐头、沙端、下余、车马河、陈园10个行政村划归经济开发区托管；2009年撤销芝英街道建制，设立芝英镇，名称沿用至今。