宋元称石弄山，宋乾道《四明图经》卷七：“石弄山，在县东北九百五十里，山石玲珑，东西相悬，人可出入。”宋宝庆《四明志》卷二十：“石弄山，在东北；山石玲珑，故以名。”明万历《两浙海防类考续编》卷一载为“花脑山”，清代改称花鸟。
现当地民众仍多俗称花脑。
清康熙二十七年（1688）属定海县蓬莱乡。
二十九年（1690）划归江苏省崇明县。
1934年与东、西绿华岛合置花洛乡。
1950年11月析置花鸟乡。
以主岛花鸟山岛得名。
1956年3月与洛华乡复置花洛乡。
是年9月复析为花鸟乡。
1958年为嵊泗人民公社花鸟生产大队。
1962年建花鸟人民公社。
1984年复为乡。