元大德《昌国州图志》卷二载为“泗头岙”。
明万历《两浙海防类考续编》卷一载为“梳头（岙）”。
清康熙《定海县志•防海记说》：“苏窦有大澳，然亦不利东南。”清乾隆《祟明县志》卷一载为“梭头（岙）”。
以镇区东北侧有形如梭尖的岬角而得名。
泗头、梳头、苏窦均为梭头谐音异写。
泗礁山岛的曾用名梳头山、苏窦山，即以此派生得名。
清光绪年间开始出现“菜园岙”名称。
1918年1：5万地形图《马迹山》载为“菜园村”。
1924年《崇明县志》卷二载为“大小菜园（岙）”。
1934年3月置菜园镇，属崇明县第五区。
以驻地得名。
1949年属嵊泗县。
1950年7月基湖村划入。
1953年12月分设基湖乡。
1956年4月基湖乡并入。
1958年改为菜园生产大队。
1962年复设镇。
1992年6月青沙乡并入。
2001年1月，马关镇和金平、绿华2乡并入。