建国时属初阳乡榅树根村，1950年划为二源乡，1952年建初级社，1956年转为高级社，公社化时建大队，1984年设置行政村，2003年11月11日文政发（2003）122号文件批复，由原榅树根村，半山村两个行政村合并组成一个行政村，2011年4月划归百丈漈镇。
经两个村领导班子讨论决定沿用榅树根村村名，并村后划归新东片，建设榅树根村中心村。
2016年属二源镇。
2019年榅树根村、坑底村合并建立榅树根村。