汉时，形成滩涂。
五代吴越王钱鏐发动民工修筑海塘，逐渐形成村落。
民国二十一年（1932年），设孙端镇。
民国二十七年（1938年），孙端镇改设孙端乡。
1949年，仍为孙端乡。
1958年，属马山公社。
1961年，改设孙端公社。
1984年12月，复设孙端镇。
1992年5月，皇甫乡并入孙端镇。
2013年10月，孙端镇划归越城区管辖。
2019年，撤销孙端镇，设置孙端街道。
2019年11月，孙端街道由绍兴滨海新区托管，行政上仍属越城区。