唐建翁山县时，属翁山县安期乡。
宋北宋熙宁六年（1073年）舟山群岛建昌国县，六横属昌国县安期乡。
明洪武二十年（1387），昌国县撤，六横属宁波府定海县（今宁波镇海）郭巨千户所。
嘉靖十九年（1540）闽人李光头、徽人许栋、王直等以双屿港为基地，与佛郎机（葡萄牙）、倭人（日本）互市。
嘉靖二十七年（1548）四月，右副都御使朱纨任浙江巡抚，督浙闽海防军务，派福建都指挥使卢镗、海道副使魏一恭等进剿双屿港，李光头等就擒，王直收余众逃遁；朱纨聚木石筑塞双屿港口，海上互市止。
康熙二十七年（1698年）舟山置定海县，六横属之，初分杜庄、双塘、清港3岙，后改上、下两庄。
清宣统二年（1910年）定海县筹办城、镇、乡地方自治，建东靖乡，1919年建定海六区东靖乡，1934年，分建为定海县五区东一甲、北一甲、东二甲、东三甲、东四甲、人柱、平峧、凝波、小苍、田岙、永亨等乡，1935年，改建为定海上庄、下庄2乡，东一甲、北一甲、东二甲、东三甲、东四甲5乡属上庄乡，人柱、平峧、凝波、小苍、田岙、永亨6乡属下庄乡。
1936年，撤销定海县第五区，设定海县第三乡镇联合办事处，仍设上庄、下计2乡。
民国28年，设定海县六桃朱普区，上庄乡分为东平、西安2乡，下庄乡分设为平和、永和2乡。
1945年，东平、西安、平和、永和4乡分别改名为沙浦、积峙、双塘和礁潭。
1947年，恢复为上庄乡和下庄乡。
1949年10月7日，六横解放。
1949年7月在宁波庄桥宣布成立定海县六横区（含今六横、虾峙、桃花）。
1950年设六横区上庄、下庄2乡，1951年，分设为洋山、龙山、嵩山、青山、岑山、双塘、平峧、礁潭、台门、田岙、杜庄、苍洞12个乡。
1953年，改设为六横区龙山、洋山、沙浦、嵩山、峧头、岑山、大支7乡和下庄区苍洞、田岙、台门、杜庄、青山、平峧、双塘、礁潭8乡，计15个乡。
1957年，撤并为上庄区峧头、大支、龙山3乡和下庄区礁潭、双塘、田岙3乡。
1958年10月成立六横人民公社，下设11个管理区。
1961年调整人民公社规模，改设六横区，下辖龙山、五星、峧头、双塘、平峧、小湖人民公社。
1984年9月恢复乡建置。
1986年9月峧头乡与礁潭乡分别改建为峧头镇和台门镇。
1992年5月撤区扩镇并乡，撤销六横区，龙山乡、五星乡与峧头镇合并建立新的峧头镇，平峧乡、元山乡与台门镇合并建立新的台门镇，六横岛上行政区域缩减为峧头镇台门镇和双塘乡。
2001年7月，六横行政区域重新调整，撤峧头镇、台门镇、双塘乡，成立六横镇。
2007年10月，佛渡乡并入六横镇。