县治西南面对九凰山（又名昆山），故县称昆阳。
晋太康建县后不久，即为县治所在地。
明隆庆五年《平阳县志》载，多为万全乡一、二、三都地，现归属本镇。
明清之际，县城南郭称坡南镇，城内称横阳镇。
清乾隆县志载城设五隅，民国县志载县治城隅计：城内、东隅、南隅、西隅、北隅。
民国《平阳六年》载：“本镇旧有坡南、横阳两镇，民初同隶县治”。
1941年始置昆阳镇。
1949年5月后称县直属镇。
1952年成立城区。
1953年城北镇与城中镇合并，称城中镇。
1954年与城南镇合并，称城关镇，直属县管辖。
所属各乡归县直管。
1958年城关镇并入钢城公社，称直属营。
1959年钢城公社并入万全公社，城关设大队（管理区）。
1961年撤销万全公社，恢复万全区，城关大队改为城关镇，直属县管辖。
因重名，1981年更名昆阳镇。
1986年，原属万全区的城东、城南、城西3个乡划入昆阳镇，分设3个办事处。
2000年万全、水亭2个乡并入昆阳镇。
2012年万全镇下属的下鲍垟等13个村划归昆阳镇。