明清时期，辖区范围海盐塘东属嘉兴县永丰乡，海盐塘西属嘉兴县大彭乡。
清朝中叶，置余贤汛。
清咸丰庚申年间，太平天国曾一度在此建立政权，设乡官以治，后复置余贤汛。
1930年嘉兴划为七区，第六区为余贤区，余贤埭属其管辖。
1947年春，余贤埭、新社寺合并，始称余新。
1949年7月嘉兴县政府在余新镇范围内建立余新乡、长秦乡、汉塘乡，部分为曹庄、吕塘、南塘三个乡属地。
1956年余新乡、余西乡、曹王乡（5个代表区）和长秦乡（2个代表区）合并为余新乡；曹庄乡、吕塘乡、南堰乡（共5个代表区）合并为曹庄乡。
1958年10月余新乡改为余新人民公社，曹庄乡改为曹庄人民公社。
1960年3月余新、曹庄两公社合并为余新人民公社。
1961年9月又重新分设。
1984年1月余新公社改为余新乡，曹庄公社改为曹庄乡，属嘉兴市郊区。
1985年10月余新乡改为余新镇。
1998年5月撤销曹庄乡并入余新镇。
2000年5月属嘉兴市秀城区。
2001年10月余新镇吕塘村、八里村划归大桥镇。
2005年5月属嘉兴市南湖区。
2007年10月余新镇东洋浜村划归大桥镇。
2011年7月余新镇永丰村、建成村、兴明村、南江村和石堰社区划归长水街道。