北宋时聚民日增，村落规模初具，因濒浔溪（今东、西市河）得名。
南宋浔溪之南商贾云集，屋宇林立，遂称南林。
南宋理宗淳祐十二年（1252）建镇，取“南林”“浔溪”二村名首字，合称“南浔”，设镇官管理。
其时，“南林一聚落耳，而耕桑之富甲于浙右，土润物丰，民信而俗阜，行商坐贾之所萃”。
俗仍有以“浔溪”“南林”为镇名。
中国人民共和国成立后，1953年成立南浔镇人民委员会，1959年建南浔镇人民政府，1986年北里乡并入南浔镇，1999年10月，原东迁镇、马腰镇、横街镇、三长乡合并为现在的南浔镇。
2020年调整南浔镇行政区划，将南林、朱坞、辽西3个社区，东迁、镇北2个居民区，江蒋漾、宝山、戴家桥、直港巷、马嘶、洋南、庠上、方丈港、祜村、东上林、同心、东迁、圣驾桥、英雄、富强、浔北、李家河、丁家港、联谊、堰四、朱坞、辽西等22个行政村划出，改由湖州市南浔区政府直辖。
调整后，南浔镇辖11个社区、1个居民区、30个行政村。