南宋咸淳间（1265～1274）属临安县天目乡，明代仍之，清乾隆二十四年（1759）黄溪、南章、门坞属天目一图，龙溪属辰隆一图。
民国初属金永乡，民国17年（1928）属金永区，民国24年（1935）属青云乡，民国30年（1941）属天目乡至解放。
1950年为天源乡龙溪村，1954年为南庄、龙溪、横溪低级社，1955年为横溪高级社，1958年为天目山公社南庄、龙溪、横溪生产队，1961年为东天目公社南庄、龙溪、横溪生产大队，1984年为东天目乡南庄、龙溪、横溪村，2001年属太湖源镇。
2007年村规模调整，三村合并为南庄村，辖10个自然村。
获评杭州市级文明村和2010年临安市“绿色家园、富丽山村”建设精品村。