清乾隆《临安县志》载有石门地名。
南宋咸淳间（1265～1274）石门、汪家坞属临安县永宁乡，明代仍之，清乾隆二十四年（1759）属高陆一图。
民国初属高庆乡，民国17年（1928）属高庆区，民国30年（1941）属石门乡，民国34年（1945）属古城乡至解放。
1950年为石门乡石门、汪家坞村，1956年为长乐乡石门村，1958年为横畈公社石门、汪家坞生产中队，1981年为石门公社石门、汪家坞生产大队，1984年为石门乡石门、汪家坞村，2001年属高虹镇。
2007年村规模调整，两村合并为石门村，辖4个自然村。
获评杭州市级文明村。