南宋咸淳间（1265～1274）属昌化县永丰乡隆化里，元、明代仍之，清雍正七年（1927）朱穴、平葛庄属永丰乡一都隆化里。
民国初属昌化城，民国17年（1928）属昌城镇，民国21年（1932）属朱平乡，民国24年（1935）属昌城镇，民国34年（1945）朱穴坞属武隆镇至解放。
1941年《民族日报》社迁此，曾改名“诛夷坞”，取“诛灭倭夷”之意，群众仍称朱穴坞。
解放初属武隆乡农会第三分会，1956年建朱穴高级社，1958年为昌城公社武隆管理区朱穴生产队，1961年为临安县武隆公社朱穴生产大队，1984年为昌化镇朱穴村。
2007年村规模调整，朱穴村规模不变，辖10个自然村。
获评杭州市级文明村。