古名新市，宋时设驿站名“新市驿”；清时属瑞应乡十四都；明洪武十四年(1381)，新市编为瑞应乡十四都二图。
民国17年(1928)，虹桥曾行村里制；19年改村里制为区、乡镇制，设镇公所、区署，为区治所在。
1949年5月11日虹桥解放。
6月，建立虹桥镇民主政府；9月底，改称镇人民政府；1956年，石帆乡的邬家桥村、西联乡的龙坦村、五权乡的连桥村和东联乡的东洋村并入辖区；1958年成立虹桥管理区；1961年撤销管理区，改为虹桥镇公社；1980年经省人民政府批准为建制镇，属虹桥区。
1992年5月，东联乡、南阳乡、瑶岙乡并入，仍称虹桥镇；2011年5月，蒲岐镇、南岳镇建制撤销，其行政区域并入虹桥镇，调整后，虹桥镇辖10个居民区、93个行政村，镇政府驻地不变。
2015年12月，乐清市行政区划部分调整，虹桥镇划出部分区域重设蒲岐镇、南岳镇。