辖区明嘉靖年间为武康县的安庆乡，抗日战争时期至解放前名为莫干乡、莫庾乡。
1949年5月解放，1950建制为莫干区莫庾乡，1956年撤区并乡时，后坞并入，改称莫干乡。
1958年10月公社化时与筏头乡合并成立莫干山人民公社，下设5个管理区，公社境地当时为莫干山管理区。
1959年10月管理区撤消，1961年5月至1964年7月，原后坞乡、筏头乡先后划出，另置公社。
1983年10月体制改革时改莫干山乡人民政府，1994年改制为莫干山镇，2004年4月5日南路乡并入莫干山镇。