建政时，为南宋乡坑底村。
1956年合作化时，为南宋乡灯塔高级社。
1958年公社化时，定名南宋管理区坑底大队，属于南宋管理区。
1961年隶属南宋公社。
因重名，1981年12约改名为蕉坑底大队。
1984年改称蕉坑底村民委员会，属于南宋乡。
2002年行政村区划调整由原来的大垟曹坑与蕉坑底两个自然村撤并组成一个新的行政村，称蕉坑底。
2011年6月乡镇区划调整南宋镇并入矾山镇。
蕉坑底属于矾山镇。
2016年，增设南宋镇，归南宋镇管辖，批准文号温政函〔2016〕23号。