汉代时期，属益州郡弄栋县。
蜀汉时期，属云南郡蜻蛉县。
东晋、南宋，属建都郡。
唐代时期，属縻州都督府磨豫县。
大理政权时期，先为环州，后改环州为华竹部，属华竹部。
元代时期，置元谋县，同置马街集市。
清初时期，县以下行政机构设马，属月法车马。
清乾隆年间（1736年—1796年），改马设乡，属乌山前半乡一、二、三、四甲。
民国十九年（1930年），改乡为区，属元谋县第一区，合原未改区前之乌山前半乡一、二、三、四甲为一镇，称马街镇。
民国二十九年（1940年），马街镇改名元马镇，升格为乡级行政单位。
民国三十三年（1944年）1月，华竹乡并入元马镇。
1950年1月19日，元谋县城解放，随即成立人民政府，元马镇属区级单位。
1958年8月，成立红旗公社，元马镇并入红旗公社。
1962年，恢复元马镇。
2006年，能禹镇并入元马镇。