明代、清代时期，畹町镇境域属芒市安抚司。
民国二年（1913年），属遮卯弹压委员。
民国二十一年（1932年），设畹町镇，属潞西设治局。
1950年10月，设立潞西县人民政府畹町办事处，属于潞西县。
1952年12月，畹町镇由潞西县划出，升为县级镇，属保山专员公署。
1955年1月，划归德宏傣族景颇族自治区。
1958年，瑞丽县混板乡划归畹町镇。
1966年，潞西县嘎中乡芒令、芒棒、回环及新民乡幸党、因腊、回龙、广董、南帕冷等村寨划归畹町镇。
1985年1月，撤销畹町镇（县级），设立畹町市（县级市）。
1999年1月，撤销畹町市，并入瑞丽市，设立瑞丽市畹町经济开发区（副县级）。