唐代时期，遮岛镇境域属南诏。
宋代时期，属大理国，地处梁河县中部，九腾越府。
元至元二十六年（1289年），属南甸军民总管府。
明属南甸宣抚司。
清咸丰元年（1851年)，南甸宣抚司署迁遮岛。
民国二十二年（1933年），属腾冲县第六区。
民国二十三年（1934年），属南甸宣抚司与梁河设治局共管。
民国二十四年（1935年），设立遮岛镇。
1958年，划归腾冲县河西区九保镇。
1959年，改设九保公社遮岛大队。
1961年，改为遮岛区。
1964年，恢复遮岛镇。
1969年12月，属红旗公社，称红光大队。
1971年9月，属遮岛公社，改称遮岛大队。
1984年，又设遮岛镇。
2005年，杞木寨乡水箐村并入遮岛镇。