1959年西藏民主改革后雪巴宗县管辖拉格克纳等。
1960年设百巴、白拉、拉嘎、开朗4乡，属雪巴县拉嘎区。
1964年，撤销雪巴县，拉嘎区及其所辖乡划归林芝县。
同年，拉嘎区更名为百巴区。
1965年，百巴区增设强嘎乡。
1969年百巴区更名为红星区。
1971年，红星区所辖乡改为人民公社。
1977年红星区复称为百巴区。
1984年百巴区所辖人民公社复乡。
1988年4月在全区撤区并乡中，撤销百巴区，将原拉嘎、白拉、强嘎、开朗、百巴5乡合并，设置百巴乡，直属林芝县。
1999年6月，在全区行政区划调整中，设立百巴镇，属林芝县管辖。
2015年3月，撤销林芝县设立县级巴宜区，百巴镇直属巴宜区。