“维吾尔玉其温”原为回屯旧地，定居建村已逾200年。
曾用玉其温、伊力于孜等别名。
新中国成立前设百户长管理屯务。
1950年建立人民政权时定名为九区二乡，1952年改名三区二乡，1954年又改名为四区七乡，1958年更为团结公社五大队，1959年改为六大队，1972年析出克什拉克塔木大队后，按驻地更为维吾尔玉其温大队，1975年1月由团结公社划归东风公社，1978年东风公社更名为东麻扎公社，本村隶属于东麻扎公社，1984年8月划入新建的维吾尔玉其温乡。
维吾尔玉其温村设村委会，沿用人民公社时期的大队名。