本村为托克逊县唯一的哈萨克族牧民聚居地。
1943年在托克逊县北界卡塔汗山北坡放牧的迪化（现乌鲁木齐）牧民三盖巴依，米西尕林登等9户哈萨克牧民因越界放牧引起草场纠纷，省政府派专人来处理，由于这9户牧民持有通沟地方的土地证，便将这9户牧民划归托克逊县。
后从乌鲁木齐托里牧场及阿勒泰迁来5户。
1956年通沟村改为牧业乡。
1958年为河东公社牧业大队。
1977年，通沟大队与先锋公社牧场合并，为先锋公社通沟大队。
1984年建库加依镇时，命名为通沟村村民委员会。