民国时期属通天乡第六保，1951年改为马深乡第二村，1955年为通天乡红光一社，1958年为通天公社九管理区，1962年为马深公社二大队，1967年改为红旗公社二大队，1972年改为马深公社二大队，1981年地名普查时命名为马深公社蓬溪大队，1984年社改乡时定为马深乡蓬溪村，1987年12月将马深乡撤乡。
将马深、太蓬合并时，将原属马深乡蓬溪村的一、二、三、四组定为太蓬乡管辖，又将蓬溪村的五、六、七组划归通天乡管辖。
1992年撤区并乡建镇后为消水镇蓬溪村，1994年9月建制调整，从消水镇划出，为太蓬乡蓬溪村。
2020年，村级建制调整，撤销西门村、鲤鱼村和蓬溪村，合并设立蓬溪村（营府函〔2020〕72号）。