1951年，隶属于元坝乡。
1958年，隶属于元坝公社，更名为1大队（人民公社化运动）。
1980年，隶属于火峰公社，更名为琴台寺大队（一普避重名）。
1984年，隶属于火峰乡，更名为琴台寺村。
1992年，隶属于南隆镇（合乡并镇）。
1994年，隶属于河东镇。
1997年，隶属于火峰乡。
2020年，村级建制调整，撤销琴台寺村、二郎庙村，设立琴台寺村。
2020年，社区建制调整，撤销琴台寺村，设立琴台寺社区（南府函〔2020〕158号）至今。