阿科里乡境域旧属绰斯甲宣抚司，大金卡苏等地属大金川安抚司。
民国二十四年（1935年），绰斯甲土司改绰斯甲县，阿科里属之。
民国二十五年（1936年）7月，红军北上后，废县，恢复土司制。
1960年1月，设阿科里乡；同年3月，建国营牧场，驻大草塘。
1964年，二嘎里文布沟建国营二牧场，阿科里国营牧场更名国营一牧场。
1966年，撤阿科里乡，6牧业大队划归国营一牧场。
1984年，改阿科里乡。
1985年7月，撤国营一牧场。
2002年3月，分为阿科里、毛日2乡。
2020年6月，将阿科里乡卡苏村所属行政区域划归独松乡管辖。