清宣统二年（1910年）属龙山乡；1933年6月红四方面军在吊喉垭建立乡苏维埃；民国二十四年至三十八年先后属龙彭乡（联保）、双龙乡、彭石乡；1951年分属彭店乡和龙山乡；1953年成立金斗乡人民政府，为水垭村，属金斗乡；1958年政社合一，改为胜利大队，属金斗人民公社；1981年地名普查重名改为水垭大队；1984年政社分设，复名水垭村，属金斗乡；1992年撤区并镇，并入龙山镇，属龙山镇；1997年10月又从龙山镇划出单行乡，属金斗乡；2005年乡镇建制调整将原金斗乡所属行政区域并入龙山镇，属龙山镇；2020年乡镇村级建制调整同意保留水垭村。