1949年属牛塔行政村，1953年属韩村乡，1955年属城郊乡，1956年属城关乡，1958年属城关公社城关乡。
1959年属城关管理区。
1963年属城关人民公社大石头生产大队。
1978年寺院从大石头生产大队分出，成为寺院生产大队。
1984年7月，实行政社分开，城关人民公社寺院生产大队改为城关镇寺院村民委员会。
2001年3月，撤并乡镇，城关镇、张马乡合并改称昌宁镇，成为昌宁镇寺院村民委员会并沿用至今。