宋灭北汉，将并州治所迁榆次，在晋阳古城汾河东县城北村附近建平晋县城，南屯属平晋县。
宋太平兴国初年，在现大南门“唐明饭店”附近的古唐明镇建新城，恢复并州名称，设太原府，本村属太原府平晋县。
元置冀宁道，平晋县属于冀宁道。
明洪武元年，废冀宁道，重置太原府，平晋县隶属太原府。
明洪武四年，平晋县城被洪水冲毁，遂选晋阳古城西南高阜处建新城，洪武八年改平晋县为太原县，本村属太原县。
清代沿用明代旧制，仍设太原府。
太原县归太原府管辖，整个清代南屯的隶属基本没有大的变动。
一九一二年中华人民共和国成立。
一九一三年，全国实行省辖县两级管理，太原县境内划为中、西北、东北、东南、西南五个区，本村属西北区管辖，区公所驻地南堰村。
一九一七年，阎锡山政府在全省实行“村本政权”，将中、西北、东北、东南、西南区改为一、二、三、四、五区，本村属第五区管辖。
一九三O年，太原县归山西省政府直辖，本村属太原县的管理未变。
一九三七年，太原县被日军占领，日伪成立太原县公署，日伪统治时期，把太原市市辖地域划为城内两个区、郊区三个区共五个区，本村属五区。
一九四二年，日伪镇府把太原县改为晋泉县，县属村庄未变。
一九四五年日本投降，阎锡山政府军队占领晋泉县，并恢复太原县旧称。
同年，将太原市辖区市内划分为“内八区”，郊区划分为“外八区”区下设立主、附村，继续实行主村下设附村及闾邻统治，汾河西北从芮城村，南至西寨村的大片地域，划分为外七区管辖，本村属于外七区。
一九四七年，改太原县为晋源县，县属地域未变。
一九四九年三月，中国共产党领导的太原市人民政府成立。
四月二十四日，人民解放军解放太原，晋源县人民政府成立。
五月二十七日，太原市人民政府首次调整区划，将阎锡山政府统治时期的十六个区调整为八个区，南屯属第七区。
一九五零年二月八日，将太原市区划的八个区合并为四个区。
八月二十八日，汾河以西地区成立了第五区，本村属第五区，区政府驻地闫家沟。
一九五一年八月二日，撤销晋源县建制，原晋源县管辖的汾河以西地域划为六区，本村仍属第五区，区政府驻地闫家沟村。
一九五四年六月四日，成立南城区、北城区、新城区、小店区、万柏林区、晋源区，区以下设街、镇、乡，本村属万柏林区小井峪乡，区镇府驻地闫家沟村，乡政府驻地小井峪村。
一九五七年，太原市政府撤销新城区、小店区、万柏林区、晋源区，保留北城区、南城区，新成立郊区建制，全市设三个区人民委员会。
郊区人民委员会（当时俗称大郊区）辖七镇、二十乡，本村属小井峪乡，郊区人民委员会驻地新建路。
一九五八年七月十四日，成立河西区人民委员会，原郊区所属的街办，矿区归河西区管辖，农村镇（乡）成立人民公社，本村属郊区小井峪人民公社。
一九五九年三月三日，撤销郊区人民委员会建制，将郊区人民委员会管辖的农村人民公社分别划归北城区、南城区和河西区管辖，本村属河西区小井峪人民公社。
河西区人民委员会驻地新建路。
一九六零年三月五日，恢复郊区人民委员会建制。
六月二十日，撤销北城区、南城区、河西区、郊区人民委员会，成立万柏林、和平等九个人民公社（俗称大公社），公社以下分设管区，管区管理三至九个村，本村属和平人民公社、南屯管区。
和平人民公社驻地迎泽西大街，管区驻地南屯。
一九六一年四月十八日，撤销万柏林、和平等九个人民公社，成立北城区、南城区、河西区、晋源区，本村属河西区人民委员会、小井峪农村人民公社。
一九六三年四月一日，成立郊区人民委员会，郊区人民委员会辖二十八个农村人民公社，本村属小井峪农村人民公社，郊区委员会驻地新建路。
一九七零年，成立太原市北郊区革命委员会，本村属北郊区革命委员会，由小井峪人民公社革命委员会管辖，北郊区革命委员会驻地柴村。
一九八一年九月，太原市北郊区第七届人民代表大会选举产生了“北郊区人民政府”，管辖范围未变。
一九八四年五月，根据国务院《关于政社分开，建立人民政府的工作方案》，小井峪人民公社改建为小井峪乡人民政府。
一九八五年，南屯生产大队改成为南屯村，领导机构为村民委员会。
一九九七年，国务院批准太原市辖区行政区划调整方案，将原北城区、南城区、河西区，及南、北郊区五个区调整为迎泽区、杏花岭区、尖草坪区、万柏林区、小店区、晋源区六个区，将原北郊区管辖的包括小井峪乡在内的五个乡划归万柏林区，本村属万柏林区小井峪乡人民政府。
万柏林区政府驻地西矿街，小井峪乡人民政府驻地下元村。
二零零六年九月，太原市政府对乡辖管理机构进行改制，除保留少数乡镇政府外实行街道办事处体制，南屯村属万柏林区长风西街道办事处。
二零一六年四月五日，南屯村改为南屯社区，南屯村民委员会改为南屯社区居民委员会。