明、清属寿阳西称清平乡、林六都，西一里。
清光绪年间（1875～1908年）设韩庄所、于家庄所、太安驿所、大北河所。
1918年改为区村制，属西乡三区。
抗日战争初，路北划分为5个区，属三区（南燕竹一带）、四区（太安驿一带）管辖。
1949年10月，寿阳县调整为10个区，属八区，1950年属四区，1952年10月，区下设乡，设颉家河、太安驿、南燕竹、韩庄、于家庄、中庄、王强铺7乡。
1955年区制撤销，小乡划为大乡，设南燕竹、赵巷头、太安驿3乡。
1958年10月，设立人民公社，1960年8个人民公社调整为12个人民公社，其中增设南燕竹人民公社，所在地为南燕竹村。
1984年改为南燕竹镇。