1961年设立石头生产大队；1984年撤销石头生产大队，设立石头村村民委员会。
1949年属城关区南四渠行政村一个自然村，1950年至1952年属城关区甘井掌行政村，1953年建制变更，石头村为石头乡，1956年由乡变村属城关基点汤庄乡，1957年属城关基点北四渠乡。
1958年至1960年属城关灯塔公社，1961年至1983年为城关公社石头生产大队，1984年至2000年属城关镇石头村村民委员会。
2001年撤乡并镇，石头村归崇文镇管辖。