明清时期实行都里制，属五龙乡保安都，下辖二里有四村：南庄、柳林、郭堡、寺庄。
民国，在明清四乡（太平、五龙、雄山、八谏）基础上实行编村制，也称区村镇制，属县二区（驻地苏店）南庄编村、为主村，东申家庄为附村，也称联合村。
1949年，沿用区、村、镇制。
1953年，撤区设乡，实行乡村制，属县二区（驻地苏店）南董乡，下辖南董、南庄两村。
至1956年，农村进行社会主义改造，组成五一高级合作社，简称“五一社”。
1958年，开始人民公社化，属苏店卫星人民公社苏店管理区。
1961年，卫星人民公社缩划，实行社队制，属苏店公社，置南庄生产大队，下辖10个生产小队。
1984年，改公社为乡（镇）政府，属苏店镇，南庄大队随改为南庄村民委员会，下辖4个村民小组。
2000年撤乡并镇，仍属苏店镇。
截止2016年底，村政区划沿革未变。