明代建镇，是旬邑县五大古镇之一。
1950年，境内设立底庙、刘家店、产场、东牛家坡等四乡。
1956年3月，合并为底庙乡。
1958年9月，底庙乡和甘家店乡部分村合并成立幸福人民公社。
12月，旬邑县并入邠县后设立底庙管理区，隶属彬县北极人民公社。
1961年8月，旬邑县制恢复后设立底庙人民公社。
1967年，更名为东方红人民公社。
1979年，恢复底庙人民公社称谓。
1984年6月，政社分设时设立底庙乡.1998年2月，改为底庙镇。