1952年12月前，灵丹庙村一直随桃川区隶属于岐山县辖。
1952年12月设立太白中心区后，由其桃川区灵丹庙乡管辖。
1952年初开始，农村先后经历了由互助组到初级农业生产合作社、高级农业生产合作社，再到生产大队的历史转变。
其间，从1954年起，灵丹庙、杜家村、柳树店三村合并，先后命名为灵丹庙初级、高级农业生产合作社和生产大队，至1958年公社化开始。
此后三个村分开各自单设为生产大队，均隶属桃川管理区（1961年更名为人民公社）；1966年灵丹庙大队更名红卫大队并成立革委会，1970年底恢复原名，1980年底改称大队管委会；1984年5月撤社建乡，组建村民委员会，属桃川乡；1997年撤乡建镇，隶属桃川镇。
2005年11月撤村并组时，将原杜家村并入本村，仍以灵丹庙村委会驻地命名并沿用至今。
本村位于桃川之中心，历来先后是桃川区、灵丹庙乡及桃川公社、乡、镇的驻地。