镇府驻孙家镇，孙家镇为邹平县古城址，自西汉于此置邹平县，至宋景德年间迁至旧口村始废，历经千余年。
孙镇乡境域1929年为邹平县第六区，1933—1937年为第十一、十二乡，1938年为孙镇区，1949年称王伍区。
1955年又改称孙镇区。
1958年1月分为孙镇乡和辛辉乡。
同年11月，建孙镇、辛辉人民公社。
1959年11月合并称孙镇人民公社，1960年改成孙镇区，1968年8月，恢复孙镇人民公社，1984年改成孙镇乡。
1994年撤乡改孙镇。