据明嘉靖四年（1525）修《邹县地理志》与万历三十九年（1611）修《邹志》，明朝时期，辖区内村庄属第三乡中的石墙社、羊绪社。
1949年10月为凫山县二区；1958年3月进行撤区并乡，划全县为35个县辖乡（镇），为石墙乡、深井乡。
1958年9月成立石墙人民公社，1983年5月，邹县进行农村体制改革，撤销人民公社设立区乡，石墙人民公社改设为石墙区；1987年1月，撤销区的建制，划全县为10个县辖镇和10个县辖乡，石墙区改设为石墙镇至今。
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