现李村镇是由原李村镇和李庄集镇合并而来。
原李村镇,民国初年属菏泽县临河区，1932年搞实验县时，改区为乡。
1942年秋至1949年8月，属南华县临河区。
1949年8月南华县撤销后，分别归属菏泽县第六区（吕陵）和第八区（李庄集），下设行镇村。
1952年春撤销行政村，区下设乡，境内有找李、大郭店、李村、油楼、任拐、魏楼六个乡。
1957年12月撤区并乡，分别属李村和高庄两个乡。
1958年9月由李村、高庄两个乡合并成立了临黄人民公社，1959年1月改名高庄人民公社。
1963年3月从高庄公社划出45个自然村成立了李村人民公社，1983年12月17日改社建乡时，改建为李村镇，生产大队改建为村民委员会。
2001年3月原李村镇和原李庄镇整建制合并为李村镇，归菏泽市牡丹区所辖。
原李庄集镇，民国初年属菏泽县临河区，1942年秋至1949年8月,属南华县临河区.1949年8月南华县撤销后建国后，为菏泽县第八区，下设行镇村。
1957年12月撤区并乡，分别属李村和高庄两个乡。
1958年9月属由李村、高庄两个乡合并成立的临黄人民公社，1959年1月属高庄人民公社。
1983年12月17日改社建乡时，改建为李村镇，生产大队改建为村民委员会。
2001年3月原李村镇和原李庄镇整建制合并为李村镇，归菏泽市牡丹区所辖。