该镇民国时期属惠民县第八区。
1948年全县辖区统改称谓，更名清河镇区。
1950年全县辖区统一调整，更名第十一区。
1955年9月全县辖区地名统改称谓，复名清河镇区。
1956年12月辖区分属清河镇、胡集、邵家三个乡。
1958年2月区划调整，清河镇乡、胡集乡（部分）、邵家乡（部分）合并为清河镇乡。
1958年11月建立人民公社时，清河镇乡改建为清河镇公社。
1961年4月清河镇公社更名为清河镇区，辖古城马、牛王店、油坊李、林樊、梅集、清河镇等6个公社。
1969年9月全县撤区改社，复名清河镇公社。
1984年全县撤销人民公社建乡镇，清河镇公社改建为清河镇乡。
1995年12月清河镇乡改建为清河镇。