马山镇历史悠久，境内有大崖、季家等商周时期文化遗址。
春秋时地处齐鲁两国边境，汉属卢县，五代时始属长清县。
民国初年，属汉卢区及中川区一部分。
抗日战争前后为七区和六区一部分。
1952年为第七区。
1956年为马东区一部分。
1958年撤区并乡后为马山乡和崮头乡一部分，是年建立了马山人民公社。
1959年撤消长清县建制，划属肥城县。
1961年恢复长清县建制时还属。
1984年，撤消马山公社建马山区。
1985年改马山区建马山乡。
1995年4月改乡建马山镇。