元顺帝年间（1333－1368），时称睢宁集。
明正统十一年（1446），时设睢宁都，曹州属地。
清康熙十三年（1674），仍称睢宁集。
清康熙五十五年（1717）侯氏由山西洪洞县迁此，侯姓居多，故名侯家集。
清雍正十三年（1735），现辖区属景山里、向善里，民国间分属曹县第五区（古营区）和菏泽县属区。
1943年8月至1945年9月，属曹县五区（侯集）。
1945年9月属复程县第四区（侯集区）。
1947年7月属复程县第十一区（侯集区）。
1956年3月，改属曹县孙老家区。
1957年，撤区并乡属侯集乡。
1958年初设立火箭人民公社，同年公社驻地迁王集，遂更名王集人民公社，辖区随属。
1962年再迁侯集，更名侯集人民公社。
1979年1月，将西部的王集、季集、张店、双铺、邵庄、韩楼、刘菜园、梁庄、丁庄、苏楼、袁白庄11个大队、47个自然村经北部的陈集、大李庄、缪庄、张破钟4个大队划归安仁集乡，将西南部曹白庄大队划归东李集乡。
1983年12月撤社建侯集镇，1984年11月24日，经山东省人民政府批准们更名侯集回族镇，辖33个行政村。