明朝万历年间，毕克齐镇一带形成村落。
清乾隆三十三年（1768年），村改镇，设巡检1员，隶归化城厅。
民国初年，已成绥西重镇。
民国二十八年（1939年），归缓县在毕克齐置信安镇，土默特旗在毕克齐设第四自治督导处。
1950年，改名毕克齐镇。
1958年，改毕克齐公社。
1962年，分出兵州亥、此老2公社。
1984年，毕克齐公社改毕克齐乡。
1986年，毕克齐乡改镇。
2001年，撤销青山乡，西梁、老道沟、乌兰板、苏盖营4村划归毕克齐镇。
2006年，兵州亥乡并入毕克齐镇。