明朝万历年间,毕克齐镇一带形成村落。
清乾隆三十三年(1768年),村改镇,设巡检1员,隶归化城厅。
民国初年,已成绥西重镇。
民国二十八年(1939年),归缓县在毕克齐置信安镇,土默特旗在毕克齐设第四自治督导处。
1950年,改名毕克齐镇。
1958年,改毕克齐公社。
1962年,分出兵州亥、此老2公社。
1984年,毕克齐公社改毕克齐乡。
1986年,毕克齐乡改镇。
2001年,撤销青山乡,西梁、老道沟、乌兰板、苏盖营4村划归毕克齐镇。
2006年,兵州亥乡并入毕克齐镇。