清初期，名卢家屯。
清光绪三十一年（1905年），改名芦屯堡。
民国三十四年（1945年）冬，盖县解放；同年11月，建立芦屯区，属盖平县，区政府驻芦屯堡。
民国三十八年（1949年）5月，盖平县进行规划调整，芦屯区分出双台子区、正蓝旗区。
1949年10月，正蓝旗并入芦屯区。
1950年7月，芦屯区政府按数字排列命名为盖县第二区。
1951年6月，芦屯区政府改芦屯区公所。
1956年2月，全区设芦屯、官屯、黄旗堡、后安平、双台子、望儿山、望海寨、鲅鱼圈、厢白旗9乡。
1958年6月，盖平县撤区并乡，芦屯乡、官屯乡和望海乡的簸箕寨、沙岗台、小望海及厢白旗的崔屯、小陆屯合并一起为芦屯大乡，全乡成立红旗社；同年7月，又改红旗共产主义农场。
同时正蓝旗乡、双台子乡并入红旗共产主义农场。
1959年3月，撤销盖平县公社，芦屯大队改芦屯公社。
1961年3月，芦屯划出双台子、安平、红旗、鲅鱼圈4公社，芦屯公社驻地仍在芦屯。
1965年1月，盖平县改名盖县，芦屯公社仍属盖县。
1983年9月，芦屯公社改芦屯乡。
1984年1月，成立鲅鱼圈区，鲅鱼圈划出；同年8月，芦屯乡改镇。
2003年4月18日，芦屯镇从盖州市划归鲅鱼圈区。