民国元年（1912年），北井子区隶属凤城县第三区。
民国二十二年（1933年），北井子区隶属安东县。
民国三十四年（1945年）9月中旬，北井子为安东县第七区。
民国三十六年（1947年）6月，成立安东县北井子区工委和区公所。
1951年5月，与长山区合并。
1958年5月，撤区并乡设北井子乡；同年9月，把东尖山辖区内的下岗、富家、山北3个村划归北井子，同时成立北井子公社。
1961年7月16日，长山、柞木、椅圈作业区从北井子公社划出。
1961年7月4日，孤山乡管辖的獐岛划归北井子公社。
1983年8月8日，建立北井子乡。
1985年3月5日，撤乡建立北井子镇。