明、清时代为内蒙扎赉特部游牧地，清光绪二十二年（1896）开发，由蒙古地局划定五棵树归属大赉县，光绪三十一年（1905）名为大赉厅第三区，宣统三年（1911）更名为大赉县五棵树镇，1938年属河北办事处五棵树警察署，1946年属赉北县，1947年赉北、镇东两县合治，更名为镇赉县第六区（五棵树区）；1958年更名为镇赉县五棵树公社；1983年更名为镇赉县五棵树乡；1985年更名为镇赉县五棵树镇，名称一直沿用至今。