西周前，属扬州域。
春秋，为百越之地。
战国，先属越、后属楚。
秦统一后，属九江郡。
汉高帝六年（前201年），设置赣县后，湖边归属赣县。
民国元年（1912年）后，湖边仍归赣县管辖；民国十七年（1928年），设区保制，区下设保；民国二十四年（1935年），改属赣县第二区第八、九、十联保；民国二十八年（1939年），改联保为乡，属赣县第二区水西乡；民国三十八年（1949年）8月14日，仍归赣县，后取消保甲制，设区乡村制，同年9月，成立水西区。
1950年，改名湖边区。
1958年，撤销湖边区，成立红旗公社，撤乡设立湖边管理区，撤并村设立17工区。
1961年4月14日，属赣州市。
1963年，撤销湖边管理区。
1968年11月，湖边公社由30生产大队合并为17生产大队。
1978年1月10日，湖边公社划属赣州市。
1984年4月18日，湖边公社改名湖边乡。
1989年12月，调整乡镇级政区，析设哈湖乡。
1996年，湖边乡杨梅、大平村划归赣州市黄金岭经济开发区（今赣州开发区）。
1998年8月，撤销湖边乡，设立湖边镇。
2000年5月，湖边镇螺田村、龙岭村袁屋组划归赣州开发区。
2001年8月，蛤湖乡并入湖边镇。
2008年9月，湖边镇划入赣州开发区，划出横江、坳头、蛤湖、永安、窑背、上禾、窑下7村给章贡区水西镇。