芳溪镇又名芳塘镇，本地人叫芳溪镇都叫芳塘镇。
宋代方塘市即为全县七个墟市之一，贸易长盛不衰，是县境西部物资集散地。
清以前境内大部分属广贤乡，部分属宣风乡。
芭蕉属泰和乡，石陂属上高县，花田、杨木、城溪、禾埠等村属宣风乡。
1932年编组保甲，镇境分属第一、二、三、四区。
1935年镇境分设4个保联、16个保。
1939年4个保联分别改名芳溪乡、集兴乡、黄岗乡、同兴乡。
1941年2月，芳溪乡与集兴乡合并为芳溪镇；同兴乡与禄集乡合并为宣化乡；蕉溪属黄岗乡，10月芳溪镇改名芳溪乡，翌年辖12保。
芭蕉属双库乡，禾埠、花田、城溪、杨木属宣化乡，蕉溪属黄岗乡。
1950年镇境分属城关区、芳溪区、宣凤区，境内设塘头、香源、三村、南溪、炎岭、芳溪、花田、城溪等乡。
1952年增设简家、蕉溪、禾埠（翌年撤销）3乡。
1956年芳溪、南溪、炎岭、蕉溪4乡合并为芳溪乡；三村、香源2乡合并为三村乡；塘头、简家2乡合并为花田乡；城溪乡并入浪源乡。
1958年成立人民公社，又是黄岗山垦殖场的分场，同年又将花田乡之原塘头、简家2小乡并入芳溪乡。
1959年城溪来属。
1960年与黄岗山垦殖场脱钩。
1968年全乡合并为7个大队26个生产队，1969年禾埠、花田、杨木、石陂4个大队由蓼市公社来属。
1972年析出炎岭大队，全乡分为蕉溪、香源、塘头、刁枥、城溪、禾埠、花田、杨木、石陂、南溪、芭蕉、庙前、上屋、下屋、新村、芳溪等大队。
1983年公社复名乡，下设村和村民小组。
1995年撤乡设镇。