东汉建安四年（199）设立巴丘镇，三国吴宝鼎二年（267）县境重置巴丘县，县名巴丘县，后避讳孔丘名，改名巴邱。
明嘉靖五年（1526）又设峡江县，县治巴邱。
中华人民共和国成立后，仍为县治，设巴邱镇。
1968年并入巴邱公社；1970年从巴邱公社分出，改名城镇公社；1972年又并入巴邱公社，至1975年从巴邱公社分出，恢复巴邱镇；经国务院批准，1997年7月1日峡江县人民政府驻地由巴邱镇搬迁至水边镇。
2001年12月巴邱镇与巴邱乡合并组成巴邱镇，地名沿用至今。