清同治十二年（1874）始置马垱镇。
1949年前分属安徽省东流县香隅乡与彭泽县马垱乡、马路乡。
1949年5月属2区（马垱区）青山、马垱、杨柳、太泊和3区（马路区）南垄等乡。
1955年有35个初级社，1957年合为14个高级社。
1958年成立马垱人民公社。
1961年划出茅店、双合、辰字、红星、大畈等大队入泉山公社（今龙城镇）。
1975年划出太泊、新进两大队入彭泽县棉花原种场。
1984年名马垱乡，1992年更名为马垱镇，沿用至今。
2001年撤乡并镇将和团乡并入。