明清时期，干洲片属从善乡，岗前片属建康乡。
1929年，建康乡属一区三溪联保，从善乡属一区干洲联保。
1932年，建康乡改属一区六分乡（后改界竹乡），从善乡改属六区干洲乡。
1935年，干洲乡属一区，界竹乡未变。
1945年，界竹、六分、干洲被分别设乡。
1946年，六分乡并入界竹乡，干洲未变。
1949年建康乡属三区界竹乡，从善乡属三区干洲镇。
1956年，界竹乡被拆分为属赤岸区的赤墎乡和三溪乡，干洲镇仍属赤岸区。
1957年，赤墎乡和三溪乡合并为岗前乡，干洲镇改称干洲乡。
1958年，岗前、干洲两乡合并为干洲人民公社。
1961年又拆分为岗前和干洲两个人民公社。
1968年合并为干洲人民公社。
1983年冬，干洲人民公社改称干洲乡。
1986年4月干洲乡改称干洲镇。