朱青庄村在1958年为五三大队，1982年以境内朱青庄更名为朱青庄大队，1983年改设为朱青庄村村民委员会；北古庄村在1958年为五五大队，1982年以境内北古庄更名为北古庄大队，1983年改设为北古庄村村民委员会；胡家巷村在1981年为胡家巷大队，1983年改设为胡家巷村村民委员会。
2001年，原北古庄村与胡家巷村合并为港南村村民委员会。
2005年12月，原港南村村民委员会与朱青庄村村民委员会合并，命名为港南村村民委员会。